Rumah sakit ini berdiri sejak tahun 1969 dengan nama Balai Kesehatan Ibu dan Anak ‘Aisyiyah. Gedung yang ditempati masih kontrak dan pindah-pindah.Pada tahun 1979 BKIA ‘Aisyiyah ini ditingkatkan fungsinya menjadi Rumah Bersalin ‘Aisyiyah yang menempati gedung milik sendiri di Jl. Sidujoyo No. 4 yang peresmiannya tepat pada tanggal 23 Jumadil Awal 1339 H bertepatan dengan tanggal 21 April 1979 M. Pada periode ini pengelola Rumah Bersalin ‘Aisyiyah Gresik adalah Pimpinan Daerah ‘Aisyiyah Kabupaten Gresik.
Pada Tahun 1996 Rumah Bersalin ‘Aisyiyah ini ditingkatkan lagi fungsinya menjadi Rumah Sakit Anak Bersalin Muhammadiyah Gresik dengan ijin sementara pengelolaan dari Kanwil Depkes RI Jawa Timur sejak tanggal 21 September 1996 hingga 21 September 1997 dan surat Perpanjangan ijin sementara sejak tanggal 21 September 1997 hingga 21 September 1998.Sejak Peningkatan fungsi menjadi Rumah Sakit Anak dan Bersalin , maka pengelolaannya diambil alaih oleh Pimpinan Daerah muhammadiyah Kabupaten Gresik dan pada tanggal 09 November 2005 berganti nama menjadi Rumah sakit Muhammadiyah Gresik hingga sekarang.